Bootstrap の1フェーズで、[bootstrap.repos] に宣言した git リポジトリを clone / 収束（更新）する path をキーに checkout 先を宣言し、各 repo に pre/post hook を挟める。mise bootstrap repos apply で適用、status（--missing で未取得のみ）で同期状態を確認する 適用時は dirty tree（未コミット変更）や origin mismatch を安全チェックし、意図しない上書きを防ぐ https://mise.jdx.dev/bootstrap.html

Bootstrap の1フェーズで、[bootstrap.mise_shell_activate] に基づき shell の rc ファイルに mise の activation スニペット（mise activate 相当）を marker 区切りで書き込む marker で囲まれたブロックのみを mise が管理するため、rc ファイルの他の記述を壊さず冪等に更新できる mise bootstrap shell apply（mise-shell-activate）で適用し、status で導入状態を確認する https://mise.jdx.dev/cli/bootstrap.html

mise の [dotfiles] で dotfiles を宣言的に管理する機能。適用は mise dotfiles apply か Bootstrap 経由のみで暗黙には走らず、冪等（適用済みは skip） [settings] の dotfiles.root（保管場所, 例 ~/.dotfiles）と dotfiles.default_mode（既定 symlink）で挙動を決める whole-file エントリの mode: symlink / symlink-each（source ディレクトリ内の各ファイルを個別に symlink）/ copy / template（mise のテンプレートエンジンで描画）。source 省略時は target を dotfiles.root 配下にミラー、source path に glob 可 mise 非所有のファイルは edit エントリで一部だけ管理: block（# >>> mise:id >>> マーカー区切りの複数行）/ line（無ければ末尾追記の1行） mise dotfiles status（applied/missing/differs 等を報告）/ apply（--dry-run --force --yes）/ add（稼働中のファイルを取り込み）/ edit 未管理ファイルは既定で置換を拒否し、--force で明示置換する https://mise.jdx.dev/dotfiles.html

Bootstrap の1フェーズで、macOS の user defaults（Dock / Finder / キーボード / トラックパッド等の挙動設定。通常は System Settings か defaults write で変える）を [bootstrap.macos.defaults] に宣言して収束させる 狙いは「新しい Mac を毎回手で設定し直す・秘伝の defaults write スクリプトを保守する」を、宣言的で冪等な設定に置き換えること。例: Dock の autohide/tilesize、Finder の show_pathbar、key_repeat、trackpad の tap_to_click、生キー指定の "com.apple.finder" = { AppleShowAllFiles = true } mise bootstrap macos defaults apply で適用（既に正しい値は skip）し、宣言と実機の差分（drift）を status や mise doctor で検知できる。設定が versioned な config に載るので再現・共有できる macos フェーズは LaunchAgents（launchd のユーザーサービス）も扱う https://mise.jdx.dev/bootstrap.html

Bootstrap の各フェーズ前後に任意コマンドを差し込む拡張点。[bootstrap.hooks.<point>] に run（文字列または配列）で宣言し、宣言的セクションに収まらない処理（認証フローや環境固有のセットアップ等）の逃げ道になる hook point は各フェーズの pre-* / post-*（packages / repos / dotfiles / defaults / user / tools）と、bootstrap task 後に走る final mise bootstrap 実行時のみ走り、失敗すると停止する。[tools] で入れたツールを使う後処理（例: post-tools で corepack enable）にも使える https://mise.jdx.dev/bootstrap.html

Bootstrap の1フェーズで、[bootstrap.packages] に宣言した OS パッケージをネイティブの package manager（apk / apt / brew 等）で導入する ledger で mise が入れたパッケージを追跡し、mise bootstrap packages apply（導入）/ import（既存環境から取り込み）/ prune（宣言から外れたものを削除）を提供、snapshot も持つ Homebrew では [bootstrap.brew.taps] で tap を管理し、bottle が無ければ source build。app bundle 直接導入用の brew-cask: backend も追加された https://mise.jdx.dev/bootstrap.html